国家超级计算深圳中心 作者: uy_sun 时间: 2019-10-13 19:47 分类: 计算物理 因为计算物理需要强大的计算能力做支撑，所以我们课题组在 [国家超级计算深圳中心](http://www.nsccsz.cn/) 购买了计算资源。 我来记录一下使用超算过程中会用到的一些命令，防止我自己遗忘了。同时也能通过这样加深自己对 Linux 系统的理解。 <!--more--> ### 基本信息 - 内核版本：Linux version 2.6.32 - 系统版本：CentOS release 6.7 (Final) ### 上网方法 超算只能通过 [VPN](https://vpn.nsccsz.cn) 来访问，并且其没有连接互联网，处于内网的环境。 因为在编译一些软件的时候能上网会方便很多，便想到通过反向代理的方法让内网电脑也能上网。 ```bash # 本地电脑 ssh -f -N -R 1080:127.0.0.1:1081 hpcc ``` 然后通过 http_proxy 即可访问互联网。 ```bash # 超算 export http_proxy="http://127.0.0.1:1080" export https_proxy="http://127.0.0.1:1080" ``` ### 编译环境 编译软件时，需要使用专门的编译节点。 一些编译器的环境变量地址 ```bash # gcc 7.3.0 . /home-yw/env_new/gcc/gcc-7.3.0.sh ``` ### 提交任务 超算使用的 LSF 作业调度系统，以下是提交作业的一个例子。 创建 test.lsf 文件，填入一下内容。 ```bash #!/bin/sh # 计算任务进入的队列 APP_NAME="intelY_bm" # 计算任务需要的核数 NP=24 # 每个节点上使用 12 个核 NP_PER_NODE=12 # 固定格式，如果 RUN 的内容为 RAW，下面的计算才会生效 RUN="RAW" # 如果使用 RAW 方式，强烈建议加上以下两条 source 已重新加载编译器环境和 MPI 环境 source /home-yw/env_new/gcc/gcc-7.3.0.sh source /home-yw/env/openmpi-2.1.6-gnu8.2.0.sh # 需要执行的命令 dcore_pre srvo3.ini && \ dcore srvo3.ini --np $NP dcore_post srvo3.ini --np $NP ``` 使用命令 `bsub test.lsf` 提交任务。 标签: 超算, 命令 最后编辑时间: 2019-10-15 10:03